Pravděpodobně již v průběhu 6. století n. l. osídlili zdejší krajinu Slované. Ve 12. století zdejší region nejspíše pokrývaly ještě souvislé lesní porosty rozrušené nevelkými odlesněnými poli, lukami a pastvinami. Lesy tu byly především listnaté, dubiny a bory. Vždyť les Rasošky, poprvé připomínaný k roku 1406, je pojmenován podle rozsochatých borovic (Rozschocha - odtud Rasocha – Rasošky).
Vesnice Vlkov vznikla asi ve 12. - 13. století na návrší v lese Rasošky na levém břehu řeky Labe v době tzv. velké kolonizace. Jednalo se o dobu zásadní proměny krajiny a sídlištní struktury, kdy přicházeli noví osadníci z vnitrozemí nebo z ciziny a na místě vypalovaných a mýcených lesů přeměňovali lesní půdu na zemědělskou, zřizovali pastviny a pole. Na takto získaných nových pozemcích zakládali nová města a vesnice.
První písemná zmínka o někdejší vsi Vlkovyje je v listině z 6. února 1228, resp. z roku 1229, v níž český král Přemysl Otakar I. (1197-1230) schvaluje a rozmnožuje majetek a práva kláštera v Opatovicích nad Labem na Pardubicku. V latinsky psaném pergamenu se doslovně praví: „náš kuchař Matouš (Matheus) z mé vůle přidal (asi ves) Wilkowiczie(!) (Vilkoviczije), tedy Vlkovyje, klášteru v Opatovicích.” Ztotožnění této lokality bylo skutečným oříškem pro mnohé historiky. Díky kombinaci pozdějších zmínek jména obce s dalšími místními názvy, které jsou již snadno identifikovatelné, vysvítá, že lokalita zvaná Vlkovyje je totožná s naším současným Vlkovem. Původní jméno tedy vyjadřovalo místo, jejž charakterizuje výskyt a časté vytí vlků, což je v hlubokém lese Rasošky jistě snadno představitelné.
Prvním majitelem byl tedy služebník českého krále Matouš, druhým byl od roku 1228, resp. 1229 benediktinský klášter sv. Vavřince v Opatovicích nad Labem. Zdejší mnišská komunita představovala významné duchovní, hospodářské a kulturní ohnisko, v jehož prostředí mj. vznikly cenné písemné památky. Pro další osudy Vlkova byla určující blízkost Smiřic. Mezi rameny Labe se zde ve středověku vyvinulo sídlo šlechtice, který ovládal okolní oblast. Z majetku držitelů Smiřic se později stalo rozsáhlé panství, do nějž prokazatelně nejdéle od 15. století náležel Vlkov a s nímž sdílel dobré i zlé až do vzniku samostatné obce v polovině 19. století.